Το Διϊδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) στην Περιβαλλοντική Βιολογία αποτελεί συνέχεια του Π.Μ.Σ. στην "Περιβαλλοντική Βιολογία - Διαχείριση χερσαίων και θαλάσσιων βιολογικών πόρων" που λειτουργούσε στο τμήμα Βιολογίας από το 1998 (αριθ. ΦΕΚ 1151/3-11-1998).  Από τα πρώτα χρόνια λειτουργίας του τρέχοντος προγράμματος η επιτυχία του υπήρξε εξαιρετική σε αριθμό προσέλευσης και σε ποιότητα μεταπτυχιακών φοιτητών και αποτέλεσε υπόδειγμα για την ανάπτυξη παρόμοιων μεταπτυχιακών προγραμμάτων σπουδών στην Ελλάδα. Από τους μέχρι τώρα αποφοίτους του Προγράμματος Περιβαλλοντικής Βιολογίας έχουν προέλθει 9 μέλη Δ.Ε.Π., δύο Διευθυντές Ερευνητικών Ινστιτούτων, μία Γενική Γραμματέας του Υπουργείου Περιβάλλοντος, περισσότεροι από 30 ερευνητές, 3 διδάσκοντες ΕΠ ΤΕΙ, στελέχη της Δημόσιας διοίκησης (Διευθύνσεις Αλιείας, Περιβάλλοντος και Πολεοδομίας καθώς και σε υπουργεία και περιφέρειες).

Στόχος του Δ.Π.Μ.Σ. είναι να εφοδιάσει τους Μεταπτυχιακούς Φοιτητές με τις σύγχρονες θεωρητικές γνώσεις στον τομέα της Περιβαλλοντικής Βιολογίας και να τους προσφέρει πρακτικά εφόδια για την αντιμετώπιση κρίσιμων περιβαλλοντικών και βιολογικών προβλημάτων. Το προτεινόμενο Δ.Π.Μ.Σ. προβλέπει τη δυνατότητα εξειδίκευσης σε θέματα που άπτονται της προστασίας του περιβάλλοντος, της βιώσιμης ανάπτυξης των υδατοκαλλιεργειών, της οικολογίας και της βιωσιμότητας της αλιείας και της διατήρηση της βιοποικιλότητας,  η σπουδαιότητα των οποίων είναι εξαιρετικά σημαντική για τη χώρα μας.