Αντικείμενο του Δ.Π.Μ.Σ. είναι η προαγωγή της γνώσης και της έρευνας στους τομείς αιχμής, που περιλαμβάνονται στο ευρύτερο φάσμα των Θαλάσσιων, Παράκτιων και Χερσαίων Βιολογικών Πόρων, της Εφαρμοσμένης Οικολογίας, της Διαχείρισης Οικοσυστημάτων, της Αλιείας, των Υδατοκαλλιεργειών, της Εξελικτικής Βιολογίας, της Βιοποικιλότητας καθώς και της Μαθηματικής Βιολογίας.

Σκοπός του Δ.Π.Μ.Σ. είναι η κατάρτιση άριστα εκπαιδευμένων επιστημόνων, με γνώση της τρέχουσας επιστημονικής και τεχνολογικής προόδου (cutting-edge), των σύγχρονων ερευνητικών τεχνικών και προσεγγίσεων και με ικανότητα υλοποίησης έρευνας σε κρίσιμα σύγχρονα θέματα που αφορούν στα οικοσυστήματα, στη βιοποικιλότητα και στους βιολογικούς πόρους, τόσο στο θαλάσσιο όσο και στο χερσαίο περιβάλλον. Το Δ.Π.Μ.Σ. αποσκοπεί επίσης στην προετοιμασία ικανών και άρτια εκπαιδευμένων επιστημόνων για τη στελέχωση των ακαδημαϊκών κι ερευνητικών ιδρυμάτων καθώς και σχετικών μονάδων παραγωγής στη χώρα μας και διεθνώς, επενδύοντας στο ανθρώπινο δυναμικό, στην αριστεία και στην καινοτομία.

Το Δ.Π.Μ.Σ. δεν αποσκοπεί στη μαζική παραγωγή πτυχιούχων με απλά πρόσθετα τυπικά προσόντα για την αγορά εργασίας, αλλά στη διαμόρφωση ανώτερων στελεχών της έρευνας, με αυξημένα προσόντα, με καλής ποιότητας ερευνητική δουλειά και σημαντική ποσότητα και ποιότητα δημοσιεύσεων στα καλύτερα διεθνή περιοδικά. Βασική αρχή της λειτουργίας του Δ.Π.Μ.Σ. είναι ο συνδυασμός της εξειδίκευσης σε ένα ερευνητικό τομέα με μια ευρύτητα στην γνώση των προβλημάτων της περιβαλλοντικής Βιολογίας.