Το Διϊδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Περιβαλλοντική Βιολογία εφαρμόζει το Ευρωπαϊκό Σύστημα Μεταφοράς και Συσσώρευσης Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) και είναι οργανωμένο σε 3 εξάμηνα.

1ο Εξάμηνο

Κατά τη διάρκεια του 1ου εξαμήνου οι Μεταπτυχιακοί Φοιτητές είναι υποχρεωμένοι να παρακολουθήσουν επιτυχώς μαθήματα που αντιστοιχούν σε 30 πιστωτικές μονάδας (ECTS) και σε περισσότερες από 200 ώρες διαλέξεων (βλ.περιγραφή ενοτήτων μαθημάτων και ωρολόγιο πρόγραμμα). Στη διάρκεια του ίδιου εξαμήνου πραγματοποιούνται σεμινάρια απο προσκεκλημμένους ομιλητές σε θέματα αιχμής στο χώρο της περιβαλλοντικής βιολογίας, καθώς και μια σειρά εργαστηριακών ασκήσεων.

2ο και 3ο Εξάμηνο

Το 2ο και 3ο εξάμηνο περιλαμβάνει την ανάπτυξη, εκτέλεση και αξιολόγηση μεταπτυχιακής ερευνητικής διατριβής.

Στο πρόγραμμα σπουδών περιλαμβάνεται και η  Ετήσια Συνάντηση Μεταπτυχιακής Έρευνας. Σκοπός της συνάντησης είναι (α) η προαγωγή της επιστημονικής πρακτικής, (β) η εκπαίδευση των Μ.Φ. στην παρουσίαση επιστημονικών εργασιών (Μεταπτυχιακών και Διδακτορικών Διατριβών), (γ) η ενημέρωση των μελών του Δ.Π.Μ.Σ. και των Μ.Φ. για την διεξαγόμενη έρευνα, και (δ) η αξιολόγηση του Δ.Π.Μ.Σ..